Hmm, beim Rendern hätte es irgendwie mehr Sinn gemacht, da läuft der Rechner ja meist unter Vollast. Manchmal hatte ich sowas aber auch beim Schneiden, immer und immer wieder an der gleichen Stelle und dem gleichen Handgriff. Da musste ich dann den Handgriff anders machen (statt mit der Maus den Arbeitsschritt mit der Tastatur machen, keine Ahnung warum).
Wenn es immer beim gleichen Clip auftritt dann ist der vielleicht korrupt oder die Platte hat an der Stelle wirklich nen Knacks. Vielleicht hilft es den Clip woanders auf deiner Festplatte hinzukopieren.