Also, das IMHO leider unmöglich, festzustellen, welcher Mod da eventuell schuld sein könnte... auch ob Mods inkompatibel zueinander sind: da könnte man allerhöchstens mal Fälle von Inkompatibilitäten feststellen, die sehr beliebte Mods betreffen, also Mods, die sehr viele User zusammen nutzen wollten und merkten, dass es Probleme gibt.
Du hast doch aber die Spiele irgendwie so gesichert gehabt, dass Du nicht alle Mods neu installieren musstest, oder? Dann sichere die Games nochmal auf diese Weise und deinstalliere sie danach, dann installierst Du nur die Versionen ohne Mods und testest auch diese mal. Bei Skyrim würde es völlig reichen, wenn du im Ordner von Steam bei steamapps, common den Skyrim-Ordner löschst bzw ausschneidest und woanders speicherst, und dann halt Steam starten, auf Skyrim per Rechtklick, Eigenschaften, lokale Dateien und "auf Fehler prüfen" - dann zieht Steam das Spiel ohne Mods neu.
Du hattest aber gecheckt, ob vlt nur irgendein Tool im Hintergrund schuld sein könnte - also da war nix aktiv (VIrenscanner, Skype, Browser....) , und trotzdem die Abstürze? Ach ja: Übertaktet hast Du auch nicht, oder?
Am Ende würde ICH vlt Windows nochmal neu installieren, dann zuerst WinUpdates ziehen lassen, danach Boardtreiber (Chipsatz, LAN, USB, Sound...) und erst am Ende dann die Grafikkartentreiber. Und dann mal die Spiele drauf und testen, also bevor Du auch nur EIN anderes Tool auf dem PC installiert hast.