Da würde ich
TrueCrypt empfehlen.
Hier findet man einen Anleitung zum Verschlüsseln einer Partition (anschließend muss man jedes Mal ein Passwort eingeben um auf die Partition zugreifen zu dürfen) . Die Partition muss aber auf jeden Fall formatiert werden, so dass es man vorher die Daten, auf der Partition, sichern sollte.