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News - PC Games hilft: Das UD Cancer Projekt

SMB_Horny

Gelegenheitsspieler/in
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Ein wirklich sinnvolles Project!
Meiner Meinung sollte man das unterstützen und damit anderen Menschen helfen oder vielleicht sich selbst, man kann ja nie wissen.

Und letzendlich kann es all den Hardwarefreaks doch egal sein ob sie ihre Systemstabilität mit Seti@Home (wofür es ja oft genutzt wird) testen oder mit dieser Software!!!!
Also Leute macht mit und helft...

Mfg Michael
 
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Zum Artikel: http://www.pcgames.de/aid,10671
 
UD Cancer Projekt vs. Seti@home ... und die Frage nach dem "Wie".

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- ( Artikel: http://www.pcgames.de/index.cfm?article_id=10671 )


Ich bin zwar noch nicht restlos davon überzeugt, ob Solches und Ähnliches wirklich zielführend ist, aber auch ich würde dieses Leukämie-"Programm" dem "Helft-uns-außerirdisches-Leben-zu-finden"-Hype eindeutig vorziehen.

Vielleicht könnte mich mal jemand aufklären. Solche Projekte können doch nur zur Auswertung von Daten von Bedeutung sein (?) Worauf ich hinaus will: Damit können zwar Daten-Mengen "durchforstet" werden, die "eigentliche" Forschung erfolgt aber nach wie vor auf die altmodische Tour - durch Wissenschaftler (also durch Menschen-Gehirne).

Oder sehe ich das falsch?

Wäre über eine Erklärung dankbar.

Mfg
Ch23
 
Ich bin bei UD nun schon ein halbes Jahr, und habe auch schon etliche
Datenpakete auf meinen Rechnern analysieren lassen. Es ist eine sinvolle
Art sich an einer verdammt guten Sache zu beteiligen, ohne das es etwas
kostet. Und die Zeit in der ein Medikament gegen Krebs entwickelt wird,
wird damit auch verkürzt.
Also ich kann nur sagen das mitmachen lohnt sich. Man hat zwar keine
persönlichen Vorteile, aber das soll ja auch nicht Sinn der Sache sein.
 
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- ( Artikel: http://www.pcgames.de/index.cfm?article_id=10671 )


Mich würde mal interessieren, wie das überhaupt funktioniert, was muss man genau machen?
 
Das UD Cancer Projekt

Ich selber habe das auch schon seit einigen Wochen hier laufen. Das gute daran ist, das es im Hintergrund läuft, also auch wenn ich diese Nachricht hier schreiben und nicht nur als reiner Bildschirmschoner wie Seti@Home.

Nachteil ist das es Gewinne und Preise wie immer nur für User im Amiland gibt welches ich persönlich, da es ein weltweites Projekt ist doch sehr schade finde.

Aber sonst, hoffe ich das dies dann wirklich einen guten Zweck hat und auch so genutzt wird.

So long..
 
Zum Funktionsprinzip von UD Cancer... (Teil 1 von 3)

Das ist so einer der wenigen Momente, wo mir mein Biochemie-Studium mal wieder was bringt *g*

Ja, die eigentliche Forschung findet immer noch im Labor und auf dem Reißbrett statt. UD Cancer nutzt lediglich die brachiale Rechenpower tausender Rechner für eine Art "Brute-Force-Attacke" auf ein im Grunde genommen geometrisches Problem. Das Ergebnis ist dann eine Art Vorselektion, die für weitere Labortests genutzt wird.

Im Detail: Jeder biochemische Prozess, also Stoffwechselvorgänge wie die Verdauung, energieverbrauchende Prozesse wie Muskelkontraktionen, aber eben auch pathologische Prozesse wie eine Viruserkrankung oder eine krankhafte Entartung eines Gewebes, wie es bei allen Krebsarten der Fall ist, funktioniert in Form von Reaktionsmechanismen, bei denen immer bestimmte Substrate (Ausgangsstoffe) durch biologische Katalysatoren, sogenannte Enzyme, zur Reaktion gebracht werden. Diese Katalysatoren liegen definitionsgemäß nach Ablauf einer solchen Reaktion wieder unverändert vor. Häufig gibt es dabei einen Zwei- oder Mehrschritt-Mechanismus nach dem Muster A+E->AE, AE+B->AB+E, wobei A und B die Substrate sind, AE ein Substrat-Enzymkomplex - also ein Zwischenprodukt -, AB das Endprodukt und E das Enzym bzw. der Katalysator.

Wenn man nun die Entstehung von AB verhindern möchte - wie könnte man da vorgehen? Entweder man ändert die Reaktionsbedingungen (kühlt ein System unter die notwendige Reaktionstemperatur ab - bei Menschen nicht unbedingt empfehlenswert...), oder man entfernt mindestens eines der Edukte A oder B oder aber den Katalysator E aus dem System. Die Edukte zu entfernen ist meist nicht ganz so einfach - sie liegen ja normalerweise in Mengen vor, da sie auch verbraucht werden. Der Katalysator bietet sich jedoch als Angriffspunkt sehr gut an: Da er nach der Reaktion immer unverändert vorliegt und sofort für die nächste Umsetzung "recycled" werden kann, reicht im System immer eine sehr geringe Menge Katalysator aus - und die nimmt man sich nun vor.

Dazu sollte man noch folgendes wissen: Beinahe alle Katalysatoren sind sehr, sehr eigen, was die Reaktionen angeht, die sie katalysieren. Das liegt daran, dass diese nach einem "Schlüssel-Schloss-Prinzip" arbeiten, d.h. das Edukt, der Ausgangsstoff, ist der Schlüssel und der Katalysator ist das Schloss. Nur wenn Edukt und Katalysator zusammenpassen, kommt es zu dem beschriebenen Edukt-Katalysator-Komplex AE, der dann mit dem nächsten Edukt B zum Endprodukt AB weiter reagiert, wodurch der Katalysator regeneriert wird. Wenn das Substrat A also nicht ins Schloss E passt, dann passiert entweder gar nichts - weil es nicht zum ersten Reaktionsschritt kommt. Oder - und das ist der Trick: Es entsteht ein Komplex aus Substrat und Katalysator, der nicht mehr weiter reagiert. Man kann sich das in etwa so vorstellen, wie wenn man einen nicht ganz passenden Schlüssel in ein Schloss steckt: Der Schlüssel geht rein, aber er lässt sich nicht drehen und die Tür geht nicht auf.

Diesen "falschen Schlüssel", der den Katalysator blockiert, nennt man Inhibitor.

Bei Enzymen ist die Sache noch etwas komplizierter als bei einfachen anorganischen Katalysatoren. Die meisten Enzyme bestehen aus einem wirklich großen Molekül, einem Eiweiß (Protein) mit einem oder mehreren Metall-Ionen. Diese Eiweiße sind lange Perlenketten aus Aminosäuren, welche an verschiedenen Stellen auch noch durch Schwefelbrücken, Wasserstoffbrücken, Ionenbindungen oder andere Kräfte querverknüpft und schließlich noch gefaltet sind. Man kann sich so ein Enzym vom Erscheinungsbild ähnlich vorstellen wie ein Knäuel aus Geschenkband - nur, dass das Aminosäurenknäuel nur in einer ganz bestimmten Form vorliegt: Durch die festgelegte Folge der Aminosäuren und die Position der Metall-Ionen ergibt sich bei jedem Enzym immer dieselbe Form; wenn man also das Wollknäuel gewaltsam aufwickeln würde und dann losließe, so würde es wieder in genau dieselbe Form zurückschnappen.
 
Zum Funktionsprinzip von UD Cancer... (Teil 2 von 3)

Und das ist auch zwingend notwendig, denn diese Form ist es, die das "Schloss" eines solchen Enzyms ausmacht. Bestimmte Regionen einer solchen Form, die sogenannten "Reaktiven Zentren" sind die Stellen, wo die Substrate "andocken". Wenn die Form nicht stimmen, funktioniert das nicht. Da viele Enzym-Eiweiße auch noch mehr als nur ein solches reaktives Zentrum besitzen, katalysieren sie gleichzeitig mehrere Reaktionen. Und da sich die Form eines Enzyms ändert, wenn ein Substrat "angedockt" hat, und somit auch die anderen reaktiven Zentren des Enzyms, beeinflussen sich bestimmte Reaktionen oft gegenseitig - unser Körper reguliert so viele seiner Funktionen, indem er Botenstoffe in Systeme schickt, die dann Reaktionen beschleunigen oder bremsen, indem sie an Enzymen andocken.

Wir wollen ja aber eine Reaktion komplett verhindern. Das können wir nun tun, indem wir diese Enzyme angreifen. Man könnte jetzt die Enzyme vergiften - wenn beispielsweise ein Enzym ein Eisen-Ion beinhaltet und man gibt etwas Blei hinzu, so kann das Blei das Eisen ersetzen. Das Enzym ändert die Form und ist damit zerstört, da das Schloss sich ja in der Form geändert hat. Bleivergiftungen, generell Schwermetallvergiftungen funktionieren so.

Man kann auch ein anderes, nicht ganz passendes Substrat ins System geben, welches mit dem passenden Substrat um die "Schlösser" an den Enzymen konkurriert - dadurch bremst man Reaktionen. Man kann auch ein reaktives Zentrum besetzen, dadurch das andere ebenfalls verändern, so dass das Enzym wiederum inaktiviert ist.

Im konkreten Fall der Leukämie stehen einige Enzyme im Verdacht, geringfügig verändert zu sein, so dass bestimmte Regelungsmechanismen nicht mehr funktionieren - wenn man das mit einem Heizungsregler vergleicht, so steht der jetzt immer auf ganz an oder ganz aus und lässt sich nicht mehr bewegen. Der Fehler betrifft nicht alle Enzyme einer Sorte, sondern nur einen Teil - der Teil genügt aber immer: Man braucht nur ganz wenig Katalysator, um eine Reaktion in Gang zu bringen.

UD Cancer stellt nun Datenpakete bereit mit einmal den besagten Enzymen und zum anderen eventuell geeigneten Inhibitormolekülen. Im Rechner wird das ganze nun dreidimensional gedreht und gewendet und ausprobiert, ob da eventuell eines zum anderen passen könnte - im Prinzip ist das ganze wie dieses Bauklötzchen-Kinderspiel, bei denen Kleinkinder quadratische, sternförmige und runde Klötzchen durch eine Schablone mit entsprechenden Öffnungen drücken müssen, mit dem Unterschied, dass Klötzchen und Schablonen eben dreidimensional und extrem kompliziert sind.

Der UD Cancer Client sucht nun also potenziell passende Kandidaten und schickt die Ergebnisse an den Server zurück. Diese Ergebnisse können dann weiterverwendet werden, indem man sie beispielsweise praktischen Laborversuchen oder aufwändigeren Berechnungen unterzieht.
 
Zum Funktionsprinzip von UD Cancer... (Teil 3 von 3)

Man sieht also: Das Projekt ist immer noch keine Maschine, die automatisch ein Heilmittel ausspuckt, wenn man eine Krankheitsbeschreibung hinein wirft. Der Laborversuch wird immer noch benötigt, genauso wie die Theorie dahinter. UD Cancer simuliert lediglich in schneller Reihenfolge hunderte, tausende solcher Versuche. Da Simulationen immer auf mathematischen Modellen beruhen, die im Grunde genommen irgendwo alle etwas vereinfacht sind, kommen bei der Simulation auch nicht ausschließlich brauchbare Ergebnisse zustande. Aber es ist schon eine riesige Arbeitserleichterung und kann die Suche nach einem wirksamen Inhibitor und damit einem potenziell funktionierenden Medikament (wenn die Probleme der Applikation und der Nebenwirkungen geklärt werden können) ganz extrem beschleunigen.

Ich hoffe, das hat etwas Licht ins Dunkel gebracht - Enzymchemie ist ein sehr spannendes Thema; ich habe das hier natürlich stark verkürzt und vereinfacht dargestellt. Es schadet nichts, wenn man sich bei Interesse beim Chemie-Lehrer oder in der Bibliothek noch weiter informiert, wenn einen die Thematik interessieren sollte...

Grüße,

Markus
 
AW: Zum Funktionsprinzip von UD Cancer... (Teil 3 von 3) ... thx

- Man sieht also: Das Projekt ist immer noch keine Maschine, die automatisch ein Heilmittel ausspuckt, wenn man eine Krankheitsbeschreibung hinein wirft. Der Laborversuch wird immer noch benötigt, genauso wie die Theorie dahinter. UD Cancer simuliert lediglich in schneller Reihenfolge hunderte, tausende solcher Versuche. Da Simulationen immer auf mathematischen Modellen beruhen, die im Grunde genommen irgendwo alle etwas vereinfacht sind, kommen bei der Simulation auch nicht ausschließlich brauchbare Ergebnisse zustande. Aber es ist schon eine riesige Arbeitserleichterung und kann die Suche nach einem wirksamen Inhibitor und damit einem potenziell funktionierenden Medikament (wenn die Probleme der Applikation und der Nebenwirkungen geklärt werden können) ganz extrem beschleunigen.
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- Ich hoffe, das hat etwas Licht ins Dunkel gebracht - Enzymchemie ist ein sehr spannendes Thema; ich habe das hier natürlich stark verkürzt und vereinfacht dargestellt. Es schadet nichts, wenn man sich bei Interesse beim Chemie-Lehrer oder in der Bibliothek noch weiter informiert, wenn einen die Thematik interessieren sollte...
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- Grüße,
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- Markus


An dieser Stelle möchte ich mich mal für die "stark verkürzte und vereinfachte dargestellte" Erläuterung bedanken. Ich habe mir deinen Text genau durchgelesen, muss aber zugeben, dass ich einige - von dir beschriebene Vorgänge - nicht "nachvollziehen" kann. Mir fehlt halt das Biochemie-Studium ;)

Zum besseren Verständnis gehörten wahrscheinlich auch Skizzen und Diagramme, aber die sind ja in einschlägiger Fachliteratur zu finden. Wenn man nur lange genug sucht =)

Ch23
 
AW: Zum Funktionsprinzip von UD Cancer... (Teil 1 bis 3 von 3)

- Man sieht also: Das Projekt ist immer noch keine Maschine, die automatisch ein Heilmittel ausspuckt, wenn man eine Krankheitsbeschreibung hinein wirft. Der Laborversuch wird immer noch benötigt, genauso wie die Theorie dahinter. UD Cancer simuliert lediglich in schneller Reihenfolge hunderte, tausende solcher Versuche. Da Simulationen immer auf mathematischen Modellen beruhen, die im Grunde genommen irgendwo alle etwas vereinfacht sind, kommen bei der Simulation auch nicht ausschließlich brauchbare Ergebnisse zustande. Aber es ist schon eine riesige Arbeitserleichterung und kann die Suche nach einem wirksamen Inhibitor und damit einem potenziell funktionierenden Medikament (wenn die Probleme der Applikation und der Nebenwirkungen geklärt werden können) ganz extrem beschleunigen.
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- Ich hoffe, das hat etwas Licht ins Dunkel gebracht - Enzymchemie ist ein sehr spannendes Thema; ich habe das hier natürlich stark verkürzt und vereinfacht dargestellt. Es schadet nichts, wenn man sich bei Interesse beim Chemie-Lehrer oder in der Bibliothek noch weiter informiert, wenn einen die Thematik interessieren sollte...
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- Grüße,
-
- Markus


der Vergleich mit dem Heizungsregler iss toll... =)

naja.. ich hab keinen Bock meine Chemie ( LK ) Lehrerin auf das Thema anzusprechen.. die wird mir wenig neues erzählen können.. mein Bio ( LK ) Lehrer.. mmmh.. nen bischen vielleicht.... hast du nicht Lust nen Vollständige Version des Textes zu posten? Meinetwegen kannst du diese Vergleiche Schlüssel / Schloss und so knicken und stattdessen nen paar Fachwörter benutzen... ( Bio-Chemie RUUUUULEZZ ! )
ahja: angenommen ich hab demnächst ne Frage zu meiner Chemie-Facharbeit... wärst du bereit mir da ein oder 2 Hinweise zu geben? =)
 
AW: Zum Funktionsprinzip von UD Cancer... (Teil 1 bis 3 von 3)

Da ich kein Unmensch bin, habe ich mich jetzt auch angemeldet. Mein PC rechnet jetzt schon fröhlich vor sich hin.

Greetings Nikotinfahnder
 
UDCancer

wieso zeigt der eigentlich immer unterschiedliche Performance-Werte an?
ich hab irgendwas zwischen 80 und 101 Punkten...
Thunderbird C 1333
256MB
10Gig zugewiesen ( also maximalwert.. der zeigt aber nur 5 an... mpf! )
Intel Pro/100+ Management Adapter
 
AW: Zum Funktionsprinzip von UD Cancer... (Teil 3 von 3) ... thx

-An dieser Stelle möchte ich mich mal für die "stark verkürzte und vereinfachte dargestellte" Erläuterung bedanken. Ich habe mir deinen Text genau durchgelesen, muss aber zugeben, dass ich einige - von dir beschriebene Vorgänge - nicht "nachvollziehen" kann. Mir fehlt halt das Biochemie-Studium ;)
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- Zum besseren Verständnis gehörten wahrscheinlich auch Skizzen und Diagramme, aber die sind ja in einschlägiger Fachliteratur zu finden. Wenn man nur lange genug sucht =)
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- Ch23
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Keine Ursache - wenn Du noch konkrete Fragen hast, dann können wir die sicherlich klären, wobei Du allerdings recht hast: Wenn man das ganze grafisch gestaltet, wird's schon wesentlich anschaulicher und damit verständlicher. Und dafür ist das Forum leider nicht wirklich geeignet, es sei denn, mann wäre ein begnadeter ASCII-Art-Künster... Bin ich aber leider nicht.
Leider kenne ich auch kein sonderlich gutes Buch, das diese Materie auf einigermaßen verständliche Weise behandelt. Ich werde mich mal umschauen...

Grüße,

Markus
 
AW: Zum Funktionsprinzip von UD Cancer... (Teil 1 bis 3 von 3)

- naja.. ich hab keinen Bock meine Chemie ( LK ) Lehrerin auf das Thema anzusprechen.. die wird mir wenig neues erzählen können.. mein Bio ( LK ) Lehrer.. mmmh.. nen bischen vielleicht.... hast du nicht Lust nen Vollständige Version des Textes zu posten? Meinetwegen kannst du diese Vergleiche Schlüssel / Schloss und so knicken und stattdessen nen paar Fachwörter benutzen... ( Bio-Chemie RUUUUULEZZ ! )
- ahja: angenommen ich hab demnächst ne Frage zu meiner Chemie-Facharbeit... wärst du bereit mir da ein oder 2 Hinweise zu geben? =)
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Ich fürchte für eine vollständige Version müsste ich Formeln (sowohl mathematische als auch chemische) gebrauchen - pfui-bäh! :) So etwas wirkt dann gleich immer abschreckend und es würde hier auch kaum jemand davon profitieren. Wenn Du wirklich ein bisschen tiefere Einblicke haben möchtest: Hier findest Du noch etwas mehr Stoff: http://www.biologie.uni-hamburg.de/b-online/d18/18.htm

Grüße,

Markus
 
AW: UDCancer

- wieso zeigt der eigentlich immer unterschiedliche Performance-Werte an?
- ich hab irgendwas zwischen 80 und 101 Punkten...
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Weil er den PC bei jedem Kontakt zum Serverl neu benchmarkt - und abhängig von Netzwerk- und CPU-Auslastung kommen dann unterschiedliche Werte heraus.
Mein Duron 800 hat im Moment eine CPU-Wertung von 75 (BREITES Grinsen Richtung Intel =), aber meine Netzwerkwertung liegt trotz DSL nur bei 40 (ich hatte da schon Werte zwischen 16 und 98)...
 
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