Unterschiede gibt's schon, sie sind aber nicht so gravierend.
Ist zB. hinten oben oder an der Oberseite kein Lüfter montiert, bläst ein dort angebrachtes Netzteil die warme Luft (steigt ja bekanntlich auf) aus dem Gehäuse.
Ist der Luftstrom im Gehäuse so oder so ordentlich, ist die Position des Netzteils recht egal.
Unten montierte Netzteile senken zB den Schwerpunkt des Gehäuses. Bestünde dieses aus recht leichtem Material, verbessert das uU. die Stabilität.
Wenn du auf eine ordentliche Kabelführung wert legst, muss bei unten montierten Netzteilen die Länge der Kabelstränge, sowie die Position der wichtigsten Mainboardanschlüsse, berücksichtigt werden. Manchmal bekommst du echt so Micky Maus Kabel, wo du, in etwas größeren Gehäusen, gerade noch so an den 20/24-pin ATX Stromanschluss oder das optische Laufwerk kommst.